The Biophysics Group investigates the molecular mechanisms of life by integrating biochemistry, biophysics, advanced bioimaging, computational modeling, and artificial intelligence. We explore the structure, dynamics, and function of biomolecules across molecular and cellular scales. Our research focuses on mechanobiology, membrane transporters and biotoxicity, protein design, bioimaging, computational biophysics, and biophysics of the origin of life. Using cutting-edge techniques such as high-speed atomic force microscopy (HS-AFM), advanced fluorescence microscopy, molecular dynamics simulations, and machine learning, we uncover the dynamic principles governing biological systems. Our long-term vision is to develop molecular and cellular digital twins that integrate experimental and computational data to enable predictive molecular biology and accelerate advances in medicine, biotechnology, agriculture, and environmental sustainability.
Group Leader: Dr. Kien Xuan Ngo
Biophysics Group · IFIRSE · NanoLSI-Kanazawa University
Research Directions
G1
"Mechanobiology"
*****
This research explores the structural dynamics and mechanobiology of cytoskeletal proteins, including actin filaments, microtubules, intermediate filaments, and septins. We combine biochemistry, high-speed atomic force microscopy (HS-AFM), and computational modeling to uncover the molecular mechanisms underlying cytoskeletal organization, dynamics, and force generation.
G2
"Membrane Transporters and Biotoxicity"
*****
This research focuses on the molecular mechanisms of membrane proteins, including ABC transporters and pore-forming toxins, that govern bacterial virulence, multidrug resistance, and host–pathogen interactions. By integrating structural, biophysical, and computational approaches, we seek to advance the development of novel antimicrobial strategies and biosensing platforms.
G3
"Protein Designs"
*****
This research develops innovative protein design methodologies and applies them to create functional molecules that address critical challenges in medicine, food, agriculture, and environmental sustainability. Our research integrates biochemistry, biophysics, molecular biology, computational biophysics, and machine learning to design and engineer proteins with tailored structures and functions.
G4
"Bioimaging"
*****
This research develops and employs advanced bioimaging methodologies, including high-speed atomic force microscopy (HS-AFM), FM-AFM, confocal microscopy, and total internal reflection fluorescence (TIRF) microscopy, to explore dynamic structural biology across molecular and cellular scales.
G5
"Computational Biophysics and Digital-Twins"
*****
This research develops and applies molecular dynamics (MD) simulations, multiscale modeling, and other computational biophysics approaches to complement experimental observations and uncover the atomic-level mechanisms underlying protein structure, dynamics, and interactions. Our long-term vision is to establish molecular and cellular digital–twins real-time computational replicas that accurately capture the conformational dynamics of proteins and biomolecular systems. By integrating simulations with experimental data, these digital twins will enable predictive modeling of biological processes and accelerate discoveries in biology, biotechnology, and precision medicine.
G6
"Biophysics of the Origin of Life"
*****
This research investigates the fundamental physical principles underlying the emergence of life by developing minimal biomimetic systems that recapitulate the self-assembly and functional behaviors of primitive biological structures. Using simple amphiphilic molecules, we construct micelles, vesicles, nanotubes, and other protocell-like architectures, and examine their interactions with prebiotic building blocks, including amino acids and short peptides, under diverse physicochemical conditions such as variations in oxygen, hydrogen, nitrogen, carbon dioxide, and energy inputs (e.g., temperature, light and electrical discharges). Our long-term vision is to uncover the fundamental mechanisms by which non-living matter self-organizes into dynamic, life-like systems, providing new insights into the origin of life and guiding the design of synthetic living systems.
Current Group Members
Selected Publications
- Kenji Murakami, Takuo Yasunaga, Taro Q.P. Noguchi, Yuki Gomibuchi, Kien Xuan Ngo, Taro Q.P. Uyeda, Takeyuki Wakabayashi, “Structural Basis for Actin Assembly, Activation of ATP Hydrolysis, and Delayed Phosphate Release”, Cell, vol.143, pp.275-287, 2010. Awarded by F1000Prime.
- Kien Xuan Ngo, Noriyuki Kodera, Eisaku Katayama, Toshio Ando, Taro Q.P. Uyeda, “Cofilin-Induced Unidirectional Cooperative Conformational Changes in Actin Filaments Revealed by High-Speed Atomic Force Microscopy”, eLife, vol.4, pp.1–22, 2015. Awarded by F1000Prime.
- Kien Xuan Ngo, Nobuhisa Umeki, Saku T. Kijima, Noriyuki Kodera, Hiroaki Ueno, Nozomi Furutani-Umezu, Jun Nakajima, Taro Q.P. Noguchi, Akira Nagasaki, Kiyotaka Tokuraku, Taro Q.P. Uyeda, “Allosteric Regulation by Cooperative Conformational Changes of Actin Filaments Drives Mutually Exclusive Binding with Cofilin and Myosin”, Scientific Reports, vol.6, pp.35449, 2016. Awarded by F1000Prime.
- Rie Ayukawa, Seigo Iwata, Hiroshi Imai, Shinji Kamimura, Masahito Hayashi, Kien Xuan Ngo, Itsushi Minoura, Seiichi Uchimura, Tsukasa Makino, Mikako Shirouzu, Hideki Shigematsu, Ken Sekimoto, Benoît Gigant, Etsuko Muto, “GTP-Dependent Formation of Straight Tubulin Oligomers Leads to Microtubule Nucleation”, Journal of Cell Biology, vol.220 (4), pp.1–19, 2021.
- Anthony Vial, Cyntia Taveneau, Luca Costa, Brieuc Chauvin, Hussein Nasrallah, Cédric Godefroy, Hervé Isamberto, Kien Xuan Ngo, Stéphanie Mangenot, Daniel Levy, Aurélie Bertin, Pierre-Emmanuel Milhiet, “Correlative AFM and Fluorescence Imaging Demonstrate Nanoscale Membrane Remodeling and Ring-Like and Tubular Structure Formation by Septins”, Nanoscale, vol.13 (29), pp.12484–12493, 2021.
- Kien Xuan Ngo, Phuong Doan N. Nguyen, Hirotoshi Furusho, Makoto Miyata, Tomomi Shimonaka, Nguyen Ngoc Bao Chau, Nguyen Phuong Vinh, Nguyen Anh Nghia, Tareg Omer Mohammed, Takehiko Ichikawa, Noriyuki Kodera, Hiroki Konno, Takeshi Fukuma, Nguyen Bao Quoc, “Unraveling the Host-Selective Toxic Interaction of Cassiicolin with Lipid Membranes and Its Cytotoxicity”, Phytopathology, DOI: https://doi.org/10.1094/phyto-09-21-0397-r, 2022. Editor Picked from July Issue.
- Yuuki Hayakawa#, Masak Takaine#, Kien Xuan Ngo#, et al., “Actin Binding Domain of Rng2 Sparsely Bound on F-actin Strongly Inhibits Actin Movement on Myosin II”, Life Science Alliance, vol.6 (1), e202201469, 2023 (#) co-first authors.
- Tareg Omer Mohammed, You-Rong Lin, Lucky Akter, Kai Weissenbruch, Kien Xuan Ngo, Yanjun Zhang, Noriyuki Kodera, Martin Bastmeyer, Yusuke Miyanari, Azuma Taoka, Clemens M. Franz, “S100A11 Promotes Focal Adhesion Disassembly via Myosin II-Driven Contractility and Piezo1-Mediated Ca2+ Entry”, Journal of Cell Science, vol.137 (2), jcs261492, 2024.
- Yuki Yoshioka#, Yong Huang#, Xiaocen Jin#, Kien Xuan Ngo#, Tomohiro Kumaki, Meihua Jin, Saori Toyoda, Sumire Takayama, Maiko Inotsume, Kyota Fujita, Hidenori Homma, Toshio Ando, Hikari Tanaka, Hitoshi Okazawa, “PQBP3 prevents senescence by suppressing PSME3- mediated proteasomal Lamin B1 degradation”, EMBO Journal, vol.43(18), pp3968-3999, 2024. (#) co-first authors.
- Hidenori Homma#, Kien Xuan Ngo#, Yuki Yoshioka, Hikari Tanaka, Maiko Inotsume, Kyota Fujita, Toshio Ando, Hitoshi Okazawa, “PQBP3/NOL7 is an intrinsically disordered protein”, Biochemical and Biophysical Research Communications, vol.736, pp150453, 2024. (#) co-first authors.
- Toshio Ando, Shingo Fukuda, Kien X. Ngo, Holger Flechsig, “High-Speed Atomic Force Microscopy for Filming Protein Molecules in Dynamic Action”, Annual Review of Biophysics, vol.53 (1), pp.19-39, 2024 10.1146/annurev-biophys-030722-113353.
- Kien Xuan Ngo#*, Huong T Vu#, Kenichi Umeda, Minh-Nhat Trinh, Noriyuki Kodera, Taro Q.P. Uyeda, “Deciphering the Actin Structure-Dependent Preferential Cooperative Binding of Cofilin”, eLife, 13(RP95257), pp1-37, 2024. (#) co-first authors. (*) Corresponding author. https://elifesciences.org/articles/95257.
- Ngan Thi Phuong Le, Kien Xuan Ngo*, Trinh Thi Ngoc Nguyen, Linh-Thuoc Tran, Hoang Duc Nguyen* “Imaging oligomers of alpha-toxin (Hla) variants using high-speed AFM and neutralizing Hla hemolytic activity with their antisera”, Arch. Biochem. Biophys., 100359, 2025. https://doi.org/10.1016/j.abb.2025.110403. (*Corresponding author).
- Thuyen Tran Vinh Nguyen*, Ngoc Quoc Ly*, Ngan Thi Phuong Le, Hoang Duc Nguyen, Kien Xuan Ngo*, “AFMnanoSALQ: An Accurate Detection Framework for Semi-automatic Labeling, Quantitative Analysis of α-Hemolysin Nanopores Using Intensity-Height Cues in HS-AFM”, Data. In: Quan, T.T., Sombattheera, C., Pham, HA., Tran, N.T. (eds) Multi-disciplinary Trends in Artificial Intelligence. MIWAI 2025. Lecture Notes in Computer Science(), vol 16355, 2026. Springer, Singapore. https://doi.org/10.1007/978-981-95-4963-4_7.
- Kien Xuan Ngo*, Sumikama, T., Vuillemot, R., Nguyen, H.G., Le, N.T.P., and Grudinin, S., “SimHS-AFMfit-MD: An Integrative Approach for Inferring Alpha- Actinin Atomic Conformational Dynamics”, Nano Letters, 26, 3298–3307, 2026. https://doi.org/10.1021/acs.nanolett.6c00617. (*Corresponding author).
- Yurtsever, A., Kien Xuan Ngo, Sumikama, T., Imamura, A., Mochizuki, S., Hirata, K., Zhang, H., Konno, H., Miyata, K., and Fukuma, T., “Hydration-Mediated Energy Landscapes Govern Rotational Flexibility in Membrane-Bound Annexin V Assemblies”, Nano Letters, 26, 4719–4729, 2026. https://doi.org/10.1021/acs.nanolett.6c00388.
- Kien Xuan Ngo: Youtube channel https://www.youtube.com/@kienxuanngo7386.
International Collaborations & Networks
The Biophysics Group actively collaborates with a global network of leading research institutions:
- Nano Life Science Institute (NanoLSI), Kanazawa University, Japan: Core collaboration on HS-AFM, FM-AFM, and AFM technology and their applications including molecular structural dynamics and mechanobiology.
- Waseda University, Tokyo, Japan: Core collaboration on mechanobiology.
- Osaka University, Osaka, Japan: Core collaboration of liposome engineering.
- Kyoto University, Japan: Core collaboration on Molecular Dynamics (MD) simulations.
- University of Grenoble Alpes, CNRS, Grenoble, France: Core collaboration on SimHS-AFMfit-MD.
- Oak Ridge National Laboratory, USA: Core collaboration on supercomputing and large-scale molecular dynamics simulations with NAMD.
- University of British Columbia, Vancouver, Canada: Core collaboration on digital twin-based inference for reconstructing atomic structure and dynamics from AFM data.
- National Yang Ming Chiao Tung University, Taiwan: Core collaboration in peptide-based drug delivery systems and therapeutic biomaterials.
- Institute of Physics, Polish Academy of Sciences, Poland: Core collaboration on Molecular Dynamics (MD) simulations.
Education, Outreach & Community Building
We are committed to advancing biophysics education, scientific outreach, and community building in Vietnam and beyond. Dr. Kien Xuan Ngo serves as Vice President of the Vietnamese Biophysical Society (VBS - https://vietbiophysics.vn/) for the 2025–2028 term, contributing to the growth of Vietnam’s biophysics community and strengthening its international collaborations. He also plays an active role in re-establishing the Microscopy Society of Vietnam (MSV - https://vietmicroscopy.vn/), with the vision of promoting microscopy research & development (R&D), education, application, and international collaboration.
Join us
We welcome students and researchers from physics, chemistry, biology, and related fields who are passionate about exploring the physical principles of life. Opportunities are available for undergraduate internships, Master's and PhD research, and postdoctoral fellowships.
Nhóm Nghiên cứu Vật lý Sinh học tập trung nghiên cứu các cơ chế phân tử của sự sống thông qua việc tích hợp sinh hóa học, vật lý sinh học, công nghệ hình ảnh sinh học tiên tiến, mô hình hóa tính toán và trí tuệ nhân tạo. Chúng tôi khám phá cấu trúc, động lực học và chức năng của các phân tử sinh học trên nhiều cấp độ, từ phân tử đến tế bào. Các hướng nghiên cứu chính của nhóm bao gồm cơ sinh học, các protein vận chuyển qua màng và độc tính sinh học, thiết kế protein, công nghệ hình ảnh sinh học, vật lý sinh học tính toán và nguồn gốc sự sống. Bằng cách ứng dụng các công nghệ tiên tiến như kính hiển vi lực nguyên tử tốc độ cao (HS-AFM), kính hiển vi huỳnh quang hiện đại, mô phỏng động lực học phân tử (MD) và học máy (ML), chúng tôi tìm hiểu và làm sáng tỏ các nguyên lý động lực học chi phối cấu trúc, chức năng và hoạt động của các hệ thống sinh học. Tầm nhìn dài hạn của chúng tôi là xây dựng các bản sao số (digital twins) ở cấp độ phân tử và tế bào, tích hợp dữ liệu thực nghiệm với dữ liệu tính toán nhằm phát triển các mô hình sinh học phân tử có khả năng dự đoán, qua đó thúc đẩy những đột phá trong y học, công nghệ sinh học, nông nghiệp và phát triển bền vững môi trường.
Hướng nghiên cứu
G1
"Cơ sinh học"
*****
Nhóm nghiên cứu "Cơ sinh học" tập trung tìm hiểu động lực học cấu trúc và cơ sinh học của các protein thuộc bộ xương tế bào, bao gồm sợi actin, vi ống, sợi trung gian và septin. Chúng tôi kết hợp sinh hóa học, kính hiển vi lực nguyên tử tốc độ cao (HS-AFM) và mô hình hóa tính toán nhằm làm sáng tỏ các cơ chế phân tử chi phối sự tổ chức, động lực học và quá trình tạo lực của bộ xương tế bào.
G2
"Protein vận chuyển qua màng và độc tính sinh học"
*****
Nhóm nghiên cứu "Protein vận chuyển qua màng và độc tính sinh học" tập trung vào cơ chế phân tử của các protein màng, bao gồm các protein vận chuyển ABC và các độc tố tạo lỗ trên màng, vốn đóng vai trò quan trọng trong độc lực của vi khuẩn, hiện tượng kháng đa kháng sinh và tương tác giữa vật chủ với tác nhân gây bệnh. Thông qua việc tích hợp các phương pháp nghiên cứu cấu trúc, vật lý sinh học và tính toán, chúng tôi hướng tới phát triển các chiến lược kháng khuẩn thế hệ mới và các nền tảng cảm biến sinh học tiên tiến.
G3
"Thiết kế protein"
*****
Nhóm nghiên cứu "Thiết kế protein" phát triển các phương pháp thiết kế protein tiên tiến và ứng dụng chúng để tạo ra các phân tử chức năng nhằm giải quyết những thách thức quan trọng trong y học, công nghệ thực phẩm, nông nghiệp và phát triển bền vững môi trường. Nghiên cứu của chúng tôi kết hợp sinh hóa học, vật lý sinh học, sinh học phân tử, vật lý sinh học tính toán và học máy để thiết kế và tối ưu hóa các protein với cấu trúc và chức năng theo yêu cầu.
G4
"Hình ảnh sinh học"
*****
Nhóm nghiên cứu "Hình ảnh sinh học" phát triển và ứng dụng các công nghệ hình ảnh sinh học tiên tiến, bao gồm kính hiển vi lực nguyên tử tốc độ cao (HS-AFM), kính hiển vi lực nguyên tử điều hòa tần số (FM-AFM), kính hiển vi đồng tiêu (Confocal Microscopy) và kính hiển vi huỳnh quang phản xạ toàn phần (TIRFM), nhằm nghiên cứu sinh học cấu trúc động ở nhiều cấp độ, từ phân tử đến tế bào.
G5
"Vật lý sinh học tính toán và Bản sao số sinh học"
*****
Nhóm nghiên cứu "Vật lý sinh học tính toán và Bản sao số sinh học" phát triển và ứng dụng các mô phỏng động lực học phân tử (MD), mô hình hóa đa tỉ lệ (multiscale modeling) và các phương pháp vật lý sinh học tính toán khác nhằm bổ sung cho các quan sát thực nghiệm và làm sáng tỏ các cơ chế ở độ phân giải nguyên tử chi phối cấu trúc, động lực học và tương tác của protein. Tầm nhìn dài hạn của chúng tôi là xây dựng bản sao số (digital twins) ở cấp độ phân tử và tế bào – các mô hình tính toán theo thời gian thực có khả năng tái hiện chính xác động lực học cấu dạng của protein và các hệ thống phân tử sinh học. Bằng cách tích hợp mô phỏng với dữ liệu thực nghiệm, các bản sao số này sẽ cho phép dự đoán các quá trình sinh học, đồng thời thúc đẩy những đột phá trong sinh học, công nghệ sinh học và y học chính xác.
G6
"Vật lý sinh học về nguồn gốc sự sống"
*****
Nhóm nghiên cứu "Vật lý sinh học về nguồn gốc sự sống" nghiên cứu các nguyên lý vật lý nền tảng chi phối sự hình thành của sự sống thông qua việc phát triển các hệ mô phỏng sinh học tối giản có khả năng tái hiện quá trình tự lắp ráp và các đặc tính chức năng của những cấu trúc sinh học nguyên thủy. Sử dụng các phân tử lưỡng ái đơn giản, chúng tôi xây dựng các micelle, túi màng (vesicles), ống nano và các cấu trúc tương tự tiền tế bào (protocells), đồng thời khảo sát sự tương tác của chúng với các thành phần tiền sinh học (prebiotics) như axit amin và peptide ngắn dưới nhiều điều kiện lý – hóa khác nhau, bao gồm sự thay đổi về oxy, hydro, nitơ, carbon dioxide và các nguồn năng lượng như nhiệt độ, ánh sáng hoặc phóng điện. Tầm nhìn dài hạn của chúng tôi là làm sáng tỏ các cơ chế nền tảng mà thông qua đó vật chất vô sinh có thể tự tổ chức thành các hệ thống động mang đặc tính của sự sống. Những nghiên cứu này không chỉ góp phần giải đáp câu hỏi về nguồn gốc của sự sống mà còn định hướng cho việc thiết kế và phát triển các hệ thống sống tổng hợp trong tương lai.
Thành viên nhóm nghiên cứu hiện tại
Các ấn phẩm chọn lọc
- Kenji Murakami, Takuo Yasunaga, Taro Q.P. Noguchi, Yuki Gomibuchi, Kien Xuan Ngo, Taro Q.P. Uyeda, Takeyuki Wakabayashi, “Structural Basis for Actin Assembly, Activation of ATP Hydrolysis, and Delayed Phosphate Release”, Cell, vol.143, pp.275-287, 2010. Awarded by F1000Prime.
- Kien Xuan Ngo, Noriyuki Kodera, Eisaku Katayama, Toshio Ando, Taro Q.P. Uyeda, “Cofilin-Induced Unidirectional Cooperative Conformational Changes in Actin Filaments Revealed by High-Speed Atomic Force Microscopy”, eLife, vol.4, pp.1–22, 2015. Awarded by F1000Prime.
- Kien Xuan Ngo, Nobuhisa Umeki, Saku T. Kijima, Noriyuki Kodera, Hiroaki Ueno, Nozomi Furutani-Umezu, Jun Nakajima, Taro Q.P. Noguchi, Akira Nagasaki, Kiyotaka Tokuraku, Taro Q.P. Uyeda, “Allosteric Regulation by Cooperative Conformational Changes of Actin Filaments Drives Mutually Exclusive Binding with Cofilin and Myosin”, Scientific Reports, vol.6, pp.35449, 2016. Awarded by F1000Prime.
- Rie Ayukawa, Seigo Iwata, Hiroshi Imai, Shinji Kamimura, Masahito Hayashi, Kien Xuan Ngo, Itsushi Minoura, Seiichi Uchimura, Tsukasa Makino, Mikako Shirouzu, Hideki Shigematsu, Ken Sekimoto, Benoît Gigant, Etsuko Muto, “GTP-Dependent Formation of Straight Tubulin Oligomers Leads to Microtubule Nucleation”, Journal of Cell Biology, vol.220 (4), pp.1–19, 2021.
- Anthony Vial, Cyntia Taveneau, Luca Costa, Brieuc Chauvin, Hussein Nasrallah, Cédric Godefroy, Hervé Isamberto, Kien Xuan Ngo, Stéphanie Mangenot, Daniel Levy, Aurélie Bertin, Pierre-Emmanuel Milhiet, “Correlative AFM and Fluorescence Imaging Demonstrate Nanoscale Membrane Remodeling and Ring-Like and Tubular Structure Formation by Septins”, Nanoscale, vol.13 (29), pp.12484–12493, 2021.
- Kien Xuan Ngo, Phuong Doan N. Nguyen, Hirotoshi Furusho, Makoto Miyata, Tomomi Shimonaka, Nguyen Ngoc Bao Chau, Nguyen Phuong Vinh, Nguyen Anh Nghia, Tareg Omer Mohammed, Takehiko Ichikawa, Noriyuki Kodera, Hiroki Konno, Takeshi Fukuma, Nguyen Bao Quoc, “Unraveling the Host-Selective Toxic Interaction of Cassiicolin with Lipid Membranes and Its Cytotoxicity”, Phytopathology, DOI: https://doi.org/10.1094/phyto-09-21-0397-r, 2022. Editor Picked from July Issue.
- Yuuki Hayakawa#, Masak Takaine#, Kien Xuan Ngo#, et al., “Actin Binding Domain of Rng2 Sparsely Bound on F-actin Strongly Inhibits Actin Movement on Myosin II”, Life Science Alliance, vol.6 (1), e202201469, 2023 (#) co-first authors.
- Tareg Omer Mohammed, You-Rong Lin, Lucky Akter, Kai Weissenbruch, Kien Xuan Ngo, Yanjun Zhang, Noriyuki Kodera, Martin Bastmeyer, Yusuke Miyanari, Azuma Taoka, Clemens M. Franz, “S100A11 Promotes Focal Adhesion Disassembly via Myosin II-Driven Contractility and Piezo1-Mediated Ca2+ Entry”, Journal of Cell Science, vol.137 (2), jcs261492, 2024.
- Yuki Yoshioka#, Yong Huang#, Xiaocen Jin#, Kien Xuan Ngo#, Tomohiro Kumaki, Meihua Jin, Saori Toyoda, Sumire Takayama, Maiko Inotsume, Kyota Fujita, Hidenori Homma, Toshio Ando, Hikari Tanaka, Hitoshi Okazawa, “PQBP3 prevents senescence by suppressing PSME3- mediated proteasomal Lamin B1 degradation”, EMBO Journal, vol.43(18), pp3968-3999, 2024. (#) co-first authors.
- Hidenori Homma#, Kien Xuan Ngo#, Yuki Yoshioka, Hikari Tanaka, Maiko Inotsume, Kyota Fujita, Toshio Ando, Hitoshi Okazawa, “PQBP3/NOL7 is an intrinsically disordered protein”, Biochemical and Biophysical Research Communications, vol.736, pp150453, 2024. (#) co-first authors.
- Toshio Ando, Shingo Fukuda, Kien X. Ngo, Holger Flechsig, “High-Speed Atomic Force Microscopy for Filming Protein Molecules in Dynamic Action”, Annual Review of Biophysics, vol.53 (1), pp.19-39, 2024 10.1146/annurev-biophys-030722-113353.
- Kien Xuan Ngo#*, Huong T Vu#, Kenichi Umeda, Minh-Nhat Trinh, Noriyuki Kodera, Taro Q.P. Uyeda, “Deciphering the Actin Structure-Dependent Preferential Cooperative Binding of Cofilin”, eLife, 13(RP95257), pp1-37, 2024. (#) co-first authors. (*) Corresponding author. https://elifesciences.org/articles/95257.
- Ngan Thi Phuong Le, Kien Xuan Ngo*, Trinh Thi Ngoc Nguyen, Linh-Thuoc Tran, Hoang Duc Nguyen* “Imaging oligomers of alpha-toxin (Hla) variants using high-speed AFM and neutralizing Hla hemolytic activity with their antisera”, Arch. Biochem. Biophys., 100359, 2025. https://doi.org/10.1016/j.abb.2025.110403. (*Corresponding author).
- Thuyen Tran Vinh Nguyen*, Ngoc Quoc Ly*, Ngan Thi Phuong Le, Hoang Duc Nguyen, Kien Xuan Ngo*, “AFMnanoSALQ: An Accurate Detection Framework for Semi-automatic Labeling, Quantitative Analysis of α-Hemolysin Nanopores Using Intensity-Height Cues in HS-AFM”, Data. In: Quan, T.T., Sombattheera, C., Pham, HA., Tran, N.T. (eds) Multi-disciplinary Trends in Artificial Intelligence. MIWAI 2025. Lecture Notes in Computer Science(), vol 16355, 2026. Springer, Singapore. https://doi.org/10.1007/978-981-95-4963-4_7.
- Kien Xuan Ngo*, Sumikama, T., Vuillemot, R., Nguyen, H.G., Le, N.T.P., and Grudinin, S., “SimHS-AFMfit-MD: An Integrative Approach for Inferring Alpha- Actinin Atomic Conformational Dynamics”, Nano Letters, 26, 3298–3307, 2026. https://doi.org/10.1021/acs.nanolett.6c00617. (*Corresponding author).
- Yurtsever, A., Kien Xuan Ngo, Sumikama, T., Imamura, A., Mochizuki, S., Hirata, K., Zhang, H., Konno, H., Miyata, K., and Fukuma, T., “Hydration-Mediated Energy Landscapes Govern Rotational Flexibility in Membrane-Bound Annexin V Assemblies”, Nano Letters, 26, 4719–4729, 2026. https://doi.org/10.1021/acs.nanolett.6c00388.
- Kien Xuan Ngo: Youtube channel https://www.youtube.com/@kienxuanngo7386.
Hợp tác quốc tế & Mạng lưới
Nhóm Nghiên cứu Vật lý Sinh học duy trì hợp tác chặt chẽ với mạng lưới các trường đại học, viện nghiên cứu và trung tâm khoa học hàng đầu trên thế giới:
- Viện Khoa học Sự sống Nano (NanoLSI), Đại học Kanazawa, Nhật Bản: Hợp tác trọng điểm về kính hiển vi lực nguyên tử tốc độ cao (HS-AFM), kính hiển vi lực nguyên tử điều chế tần số (FM-AFM), công nghệ AFM và các ứng dụng trong nghiên cứu động lực học cấu trúc phân tử và cơ sinh học.
- Đại học Waseda, Tokyo, Nhật Bản: Hợp tác trọng điểm trong lĩnh vực cơ sinh học.
- Đại học Osaka, Nhật Bản: Hợp tác trọng điểm về lĩnh vực kỹ thuật liposome.
- Đại học Kyoto, Nhật Bản: Hợp tác trọng điểm về mô phỏng động lực học phân tử (MD).
- Đại học Grenoble Alpes và Trung tâm Nghiên cứu Khoa học Quốc gia Pháp (CNRS), Grenoble, Pháp: Hợp tác trọng điểm trong phát triển nền tảng SimHS-AFMfit-MD.
- Phòng thí nghiệm Quốc gia Oak Ridge, Hoa Kỳ: Hợp tác trọng điểm về siêu máy tính (supercomputing) và mô phỏng động lực học phân tử quy mô lớn sử dụng NAMD.
- Đại học British Columbia, Vancouver, Canada: Hợp tác trọng điểm về các phương pháp suy luận dựa trên bản sao số (digital twins) nhằm tái dựng cấu trúc và động lực học ở độ phân giải nguyên tử từ dữ liệu AFM.
- Đại học Quốc gia Dương Minh Giao Thông, Đài Loan: Hợp tác nghiên cứu trọng điểm về các hệ thống phân phối thuốc dựa trên peptide.
- Viện Vật lý, Viện Hàn lâm Khoa học Ba Lan, Ba Lan: Hợp tác nghiên cứu trọng điểm về mô phỏng động lực học phân tử.
Đào tạo, Kết nối & Xây dựng Cộng đồng
Chúng tôi cam kết thúc đẩy giáo dục trong lĩnh vực vật lý sinh học, phổ biến khoa học và phát triển cộng đồng nghiên cứu tại Việt Nam cũng như trên phạm vi quốc tế. TS. Ngô Xuân Kiên hiện đảm nhiệm cương vị Phó Chủ tịch Hội Vật lý Sinh học Việt Nam (VBS - https://vietbiophysics.vn/) nhiệm kỳ 2025–2028, góp phần phát triển cộng đồng vật lý sinh học Việt Nam và tăng cường hợp tác quốc tế. Ông cũng tích cực tham gia tái thành lập Hội Hiển vi Việt Nam (MSV - https://vietmicroscopy.vn/) với tầm nhìn thúc đẩy nghiên cứu và phát triển (R&D), đào tạo, ứng dụng công nghệ hiển vi và mở rộng hợp tác quốc tế.
Tham gia cùng chúng tôi
Chúng tôi luôn chào đón sinh viên và các nhà nghiên cứu trong các lĩnh vực vật lý, hóa học, sinh học và các ngành liên quan có chung niềm đam mê khám phá những nguyên lý vật lý của sự sống. Nhóm nghiên cứu thường xuyên tuyển nhận sinh viên thực tập bậc đại học, học viên cao học, nghiên cứu sinh tiến sĩ và nghiên cứu viên sau tiến sĩ.